大多数人认为超纯水设备和纯水设备是一种工作原理和性能，本质上没有区别，实际上并非如此。
超纯水设备和纯水设备在工作原理、产水水质标准、采用工艺流程、用途等方面都有所不同，具体区别如下。
一、工作原理方面的区别
纯水设备采用先进的反渗透技术，其工作原理是对水施加一定的压力，使水分子和离子态的矿物质元素通过反渗透膜。溶解在水中的绝大部分无机盐（包括重金属）、有机物以及细菌、病毒等无法透过反渗透膜，从而使渗透过的纯净水和无法渗透过的浓缩水严格的分开。
超纯水设备是在反渗透技术的基础上，添加了离子交换和终端处理技术，有些还有深度离子除盐、超滤和UV光氧化作用设备。尽可能彻底地去处天然水中常见的可溶性无机物、有机物、颗粒物、微生物、可溶性气体等杂质。
二、产水水质方面的区别
纯水设备的出水水质，一般达到新版的《生活饮用水新标准》即可。
超纯水设备的产水水质有比较严格的要求，一般根据应用行业的特殊性，电导率需达12MΩ、15MΩ、17MΩ、18MΩ、18.2MΩ等不同级别的超纯水。
三、采用工艺方面的区别
纯水设备采用反渗透工艺，对水施加的压力，水通过孔径只有0.0001微米反渗透膜，过滤掉水中0.02-0.4或0.4-1微米的病毒、细菌等杂质。
超纯水设备常用的工艺方法有蒸馏法、反渗透法、离子交换法、过滤法、吸附法、紫外氧化法等，将水的纯化过程大致分为4大步，预处理（初级净化）、反渗透（生产出纯水），离子交换（可生产出18.2MΩ.cm超纯水）和终端处理（生产出符合特殊要求的超纯水）。
四、设备用途方面的区别
纯水设备的用途：
1、小型纯水站、团体饮用纯水；
2、食品、饮料、饮用水的制备；
3、海水、苦咸水的淡化；
4、制药工业工艺用水；
5、电厂化学水处理；
6、精细化工、精尖学科用水。
超纯水设备的用途：
1、超纯材料和超纯试剂的生产和清洗；
2、电子、半导体、精密机械行业用超纯水；
3、电池产品的生产；
4、半导体产品的生产和清洗；
5、电路板的生产和清洗；
6、其他实验高科技精细产品的生产等。